L’Établissement est composé des instances suivantes :
- le Conseil d’Administration : assure la responsabilité de l’administration de l’établissement. Il est obligatoirement saisi de toutes les questions pouvant influencer la marche générale de l’établissement. Il délibère sur les principales questions touchant le fonctionnement et la gestion de l’établissement
- la Direction Générale : Le Directeur Général détient les pouvoirs pour agir au nom du Conseil d’Administration dont il prépare les travaux. A ce titre, il dirige, anime, coordonne et contrôle l’ensemble des activités de l’Institut. Il est l’ordonnateur principal du budget de l’Institut.
- le Conseil Scientifique et Pédagogique : Il est chargé d’élaborer les programmes de formation technique et d’instruction pratique et de procéder à leur actualisation ; de proposer toute mesure tendant à l’amélioration de la qualité de la formation ; de donner un avis technique sur toute question pédagogique ; d’approuver les travaux relatifs à l’évolution de la doctrine.
Le Conseil d’Administration de l’ISEPC est constitué de neuf (09)membres ainsi qu’il suit:
- un représentant du Ministère en charge de la protection civile
- un représentant de la Brigade Nationale de Sapeurs-pompiers
- un représentant du Ministère en charge des finances
- un représentant du Ministère en charge de la défense
- un représentant du Ministère en charge de la coopération
- un représentant du Ministère en charge de l’enseignement supérieur
- un représentant des enseignants permanents
- un représentant du personnel de l’ISEPC
- un représentant des élèves et stagiaires de l’ISEPC.
Le Conseil Scientifique et Pédagogique se compose comme suit:
- Président le Directeur des Enseignements et des Programmes
- Membres : le Directeur du laboratoire et de la certification
- un (01) instructeur permanent, désigné par le Directeur Général de l’ISEPC
- un (01) instructeur non permanent, désigné par le Commandant de la Brigade Nationale de Sapeurs-pompiers pour une durée de deux (02) ans non renouvelable.
Peuvent être associés aux travaux du conseil scientifique et pédagogique, pour avis consultatif, des experts et spécialistes de toute autre organisation disposant de compétences.